电子监管码使用的繁琐在药品出库时更为明显：每一笔出库药品都要扫码，数据传输时具体的购货单位也要和单位的微机系统一一进行核对。比如同一品种同一天有10家客户都是购买了5盒，在数据传输时要先查看销售流向，知道哪几家购买的是5盒药品，然后再根据监管码对应的药品批号，一一做出库。尤其是一些单位业务以终端配送为主，拆零量很大，操作更是不方便。有时库管员忙于出货，还会有所遗忘；传输的工作量也很大，传输系统和进销存系统要两台电脑不停地核对。

　　一直以来，医药行业都在探讨能否通过对现代物流技术的使用来实现对药品的防伪和全供应链的监管，但是受困于我国流通的药品品规数过多和物流成本过高的原因，未能有效推广。实际上，任何一种物流码的使用，都必须具备“追踪式防伪”和“降低物流操作成本”两大便利（或其中之一）才具有生命力。但是目前使用的电子监管码，仍然有诸多需要完善和匹配的地方，尤其是在具体操作层面。

　　一方面，有企业反映目前电子监管码的操作比较烦琐：首先药品到货后，扫码机进行扫描，但是在做数据传输时，系统中只能显示药品编码，选择具体供货单位时还要根据药品的批号、数量和本单位的微机系统进行核对才能录入。如果同一天，同一品种有多家供货商送货，每一笔核对起来特别麻烦，也很容易弄乱。电子监管码究竟能不能对药品的流通过程进行“追踪式监管”。目前，仅仅是基本用药采用电子监管码扫描，那么非基本用药是否就不需要监管？电子监管码在商业公司环节是要求强制扫描，那么进入医院药房、零售药店尤其是遍布城乡的个人单体药房是否需要扫描？如果不扫描，如何保证药品在流通过程中的安全？上述问题都是电子监管码在实际使用中迫切需要解决的问题，也是企业疑问之所在。